DrugBank

DrugBank
Περιεχόμενο
Περιγραφή	Βάση δεδομένων φαρμάκων
Αντικείμενο	Χημικές δομές, μικρομόρια φαρμάκων, βιοτεχνικά μόρια, στόχοι φαρμάκων, μεταφορείς φαρμάκων, αλληλουχίες στόχων φαρμάκων, στόχοι φαρμάκων SNPs, μεταβολίτες φαρμάκων, περιγραφές φαρμάκων, συσχετισμοί ασθενειών, δεδομένα δόσεων, αλληλεπιδράσεις τροφών και φαρμάκων, αρνητικές αντιδράσεις φαρμάκων, φαρμακολογία, μηχανισμοί δράσης, μεταβολισμός φαρμάκων, χημική σύνθεση, ευρεσιτεχνίες και δεδομένα τιμολόγησης, χημικές ιδιότητες, ορολογία, συνώνυμα, χημική ταξινόμηση, φάσματα NMR φαρμάκων, φάσματα GC-MS φαρμάκων, φάσματα LC-MS φαρμάκων
Επαφή
Ερευνητικό κέντρο	Πανεπιστήμιο της Αλμπέρτα και το Κέντρο Μεταβολομικής Καινοτομίας
Εργαστήριο	Dr. David Wishart
Πρώτη αναφορά	DrugBank: Μια κατανοητή πηγή για εύρεση και διερεύνηση φαρμάκων σε προσομοίωση.
Πρόσβαση
Ιστοσελίδα	www.drugbank.ca
URL λήψης	www.drugbank.ca/downloads
Εργαλεία
Διάφορα
Άδεια	Creative Commons
Συχνότητα έκδοσης δεδομένων	Κάθε δύο χρόνια με διορθώσεις και ενημερώσεις ανά μήνα
Πολιτική επιμέλειας	Χειροκίνητη
Συνδέσεις	ChemSpider; ChEMBL; PharmGKB; KEGG Drug; PubChem;

Η βάση δεδομένων DrugBank είναι μια εκτεταμένη, ελεύθερα προσβάσιμη, διαδικτυακή βάση δεδομένων που περιέχει πληροφορίες για φάρμακα και στόχους φαρμάκων.^[1] Ως πηγή βιοπληροφορικής και χημειοπληροφορικής, η DrugBank συνδυάζει λεπτομερή χημικά, φαρμακολογικά και φαρμακευτικά δεδομένα με περιεκτικούς στόχους φαρμάκων όπως πληροφορίες αλληλουχίας, δομής και οδών.^[1]^[2] Λόγω του ευρέος φάσματος, υπάρχουν εκτεταμένες παραπομπές και ασυνήθιστα λεπτομερείς περιγραφές δεδομένων, η DrugBank μοιάζει περισσότερο με εγκυκλοπαίδεια των φαρμάκων παρά με βάση δεδομένων φαρμάκων. Ως συνέπεια, διατηρούνται σύνδεσμοι προς τη DrugBank για σχεδόν όλα τα φάρμακα που είναι καταχωρημένα στη βικιπαίδεια. Η DrugBank χρησιμοποιείται πλατιά από τη φαρμακευτική βιομηχανία, τους ιατρικούς χημικούς, τους φαρμακοποιούς, τους γιατρούς, τους φοιτητές και το γενικό κοινό. Τα εκτεταμένα δεδομένα για φάρμακα και στόχους φαρμάκων έχουν επιτρέψει την ανακάλυψη και τον αναπροσανατολισμό ενός αριθμού υπαρχόντων φαρμάκων για να αντιμετωπίσουν σπάνια και πρόσφατα ταυτοποιημένες ασθένειες.

Η τελευταία έκδοση της βάσης δεδομένων (έκδοση 4.0) περιέχει τις καταχωρήσεις 7677 φαρμάκων που περιλαμβάνουν 1558 εγκεκριμένα φάρμακα μικρομορίων της Υπηρεσίας Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA), 155 βιοτεχνολογικά φάρμακα (πρωτεϊνών/πεπτιδίων) εγκεκριμένα από την FDA, 87 φαρμακοτρόφιμα (nutraceuticals) και πάνω από 6000 πειραματικά φάρμακα.^[3] Επιπλέον, 4270 μη πλεονάζουσες αλληλουχίες πρωτεϊνών (δηλαδή στόχοι φαρμάκων/ένζυμα/μεταφορείς/φορείς) συνδέονται με αυτές τις καταχωρήσεις φαρμάκων. Κάθε καταχώρηση κάρτας φαρμάκου (Εικ. 1) περιέχει περισσότερα από 200 πεδία δεδομένων με τις μισές πληροφορίες να αφιερώνονται στα φαρμακευτικά/χημικά δεδομένα και τις άλλες μισές στο στόχο του φαρμάκου ή τα δεδομένα πρωτεϊνών.^[3]

Τέσσερις πρόσθετες βάσεις δεδομένων, HMDB,^[4] T3DB,^[5] SMPDB ^[6] και FooDB είναι επίσης τμήμα μιας γενικής σειράς των μεταβολομικών/χημειοπληροφορικών βάσεων δεδομένων. Η HMDB περιέχει ισοδύναμες πληροφορίες για περισσότερους από 40.000 ανθρώπινους μεταβολίτες, η T3DB περιέχει πληροφορίες για 3100 συνηθισμένες τοξίνες και περιβαλλοντικούς ρύπους, η SMPDB περιέχει διαγράμματα οδών για περίπου 700 ανθρώπινες μεταβολικές οδούς και οδούς ασθενειών, ενώ η FooDB περιέχει ισοδύναμες πληροφορίες για περίπου 28.000 συστατικά τροφίμων και πρόσθετα τροφίμων.

↑ ^1,0 ^1,1 ^1,2 Wishart, DS; Knox C; Guo AC (Jan 2006). «DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration». Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D668-D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMID 16381955.
↑ Wishart, DS; Knox C; Guo AC (Jan 2008). «DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets». Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMID 18048412.
↑ ^3,0 ^3,1 Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D και άλλοι. (Jan 2014). «DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism». Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMID 24203711.
↑ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E και άλλοι. (Jan 2009). «HMDB: a knowledgebase for the human metabolome». Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D603-10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMID 18953024.
↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). «T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.». Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMID 19897546.
↑ Jewison, T; Su Y; Disfany FM (Jan 2014). «Small Molecule Pathway Database.». Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D478-84. doi:10.1093/nar/gkt1067. PMID 24203708.

[pmid16381955-1] 1,0 ^1,1 ^1,2 Wishart, DS; Knox C; Guo AC (Jan 2006). «DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration». Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D668-D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMID 16381955.

[pmid18048412-2] Wishart, DS; Knox C; Guo AC (Jan 2008). «DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets». Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMID 18048412.

[pmid24203711-3] 3,0 ^3,1 Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D και άλλοι. (Jan 2014). «DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism». Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMID 24203711.

[pmid18953024-4] Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E και άλλοι. (Jan 2009). «HMDB: a knowledgebase for the human metabolome». Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D603-10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMID 18953024.

[pmid19897546-5] Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). «T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.». Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMID 19897546.

[pmid24203708-6] Jewison, T; Su Y; Disfany FM (Jan 2014). «Small Molecule Pathway Database.». Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D478-84. doi:10.1093/nar/gkt1067. PMID 24203708.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]