Back فاستا Arabic FASTA BS FASTA Catalan FASTA-Algorithmus German FASTA English FASTA Spanish فست ای Persian FASTA (programme informatique) French FASTA Japanese FASTA Portuguese
FASTA je sada programů umožňující alignment (srovnávání) sekvencí DNA a proteinů. FASTA je zkratka od slovního spojení „fast alignment“.[1] FASTA programy za využití rychlých, heuristických metod umožňují vyhledat podobné úseky v sekvencích srovnáváním dotazované sekvence se sekvencemi v proteinových a DNA databázích. Další programy poskytují informace o statistické významnosti alignementu.
FASTA se využívá například k odvození funkčních a evolučních vztahů mezi sekvencemi nebo k identifikaci členů genové rodiny.[2]
O programu FASTA jeho tvůrci prohlašují, že se jedná o nejen vysoce selektivní ale zároveň rychlý bioinformatický nástroj. FASTA dokáže získat výsledky s použitím databáze s 2,5 miliony záznamů za méně než 20 minut, což je pozitivní změna oproti programům na bázi NWS. (Naopak metoda BLAST je rychlejší). Sensitivita je dána zejména použitím skórovací tabulky PAM250. Autoři přímo upozorňují, že výsledky získané pomocí programu FASTA nemusejí být vždy jednoznačné a je vždy potřeba je kriticky analyzovat. S tím, jak se metody alignmentu stávají více sensitivní, tím častěji u nich může docházet k chybám.[3]
- ↑ LESK, Arthur. Introduction to Bioinformatics. Oxford: Oxford university press, 2005. druhá. ISBN 0199277877.
- ↑ FASTA Sequence Comparison at the U. of Virginia [online]. [cit. 2014-05-12]. Dostupné z: http://fasta.bioch.virgini[nedostupný zdroj]a.edu/fasta_www2/fasta_list2.shtml
- ↑ Lipman, DJ; Pearson, WR (1985). "Rapid and sensitive protein similarity searches". Science 227 (4693): 1435–41. doi:10.1126/science.2983426. PMID 2983426
© MMXXIII Rich X Search. We shall prevail. All rights reserved. Rich X Search