Mit Kolmation (auch Kolmatation, Kolmatierung) wird in der Bodenkunde, Hydrologie und Hydrogeologie der Prozess der Verringerung der Durchlässigkeit des Bodengerüsts infolge von Wechselwirkungen zwischen dem Boden und der darüberstehenden Wassersäule bezeichnet. In der Regel ist der Austausch zwischen Oberflächengewässern und dem Grundwasser von Interesse, wobei vor allem der Eintrag von feinerem Material, z. B. Schwebstoffen zum Kolmationseffekt beiträgt.
Bedeutsam sind neben der Kolmation auch die vom Wasser bedingten Materialverlagerungen durch Erosion und durch Suffosion.
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