Ein Pharmakophor ist derjenige Teil (bzw. besteht aus denjenigen Eigenschaften) eines Moleküls, die für dessen pharmakologische Wirkung verantwortlich sind. Dabei werden alle sterischen und elektronischen Eigenschaften, die notwendig sind, um Wechselwirkungen mit einer bestimmten biologischen Zielstruktur (Target) zu ermöglichen und eine biologische Antwort auszulösen oder zu blockieren, berücksichtigt[1].
In der modernen Computerchemie spielen Pharmakophore eine wichtige Rolle. Mit der Hilfe Quantitativer Struktur-Wirkungs-Beziehungen ist es möglich, aus der Struktur von Arzneistoffen und ihren pharmakologischen Eigenschaften Pharmakophore abzuleiten. Andererseits können anhand bekannter Pharmakophore Datenbanken auf potenziell wirksame Arzneistoffe durchsucht werden.
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