Mikro RNK

mikroRNK ili mikro RNK (skraćeno miRNK, eng. microRNA, miRNA) je mala nekodirajuća molekula RNK, od oko 22 nukleotida, koja je nađena kod biljaka, životinja i nekih virusa. Njena je RNK prigušena u posttranskripcijskom reguliranju ekspresije gena.^{[1][2][3][4][5][6]}

Kod eukariota je kodirana iz jedarne DNK, kao kod svih organizama čiji je genom zasnovan na DNK. Uloga miRNK se ostvaruje preko baznog uparivanja s komplementarnim sekvencama unutar molekule iRNK.^[7] Kao rezultat toga, ove su molekule iRNK su prigušene jednim ili više od sljedećih procesa:

• 1. rasijecanje lanca iRNK u dva komada;
• 2. destabiliziranje iRNK skraćivanjem njenog poly(A) repa i
• 3. manje djelotvorna translacija iRNK u proteine u ribosomima.^[7][8]

Genom čovjeka može kodirati preko 1.000 miRNK,^[9][10] koje su učestale u mnogim tipovima sisarskih ćelija,^[11][12] a javljaju se za kopiranje oko 60% gena čovjeka i ostalih sisara.^[13][14]

Ove miRNK su dobro konzervirane sekvence i kod biljaka i kod životinja, a snatra se da su vitalnog značaja i evolucijski drevne komponente regulacije gena.^{[15][16][17][18][19]} Iako su osnovne komponente mikroRNK puta među biljkama i životinjama konzervirane, čini se da se miRNK repertoar u dva carstva samostalno pojavio sa različitim primarnim vidom djelovanja.^[20][21]

Biljne miRNK obično imaju približno perfektno uparivanje sa odgovarajućim iRNK ciljnim molekulama, koje izazivaju represiju gena tokom prerade ciljnih transkripata.^[22] Nasuprot tome, životinjske miRNK su sposobne za prepoznavanje njihovih ciljnih iRNK pomoću 6–8 nukleotida na 5' kraju miRNK,^[13][23][24] koje nisu dovoljno uparene da induciraju cijepanje ciljnih iRNK.^[7] Kod životinja je obilježavajuća kombinirana regulacija miRNK.^[7][25]

Data miRNK može imati na stotine različitih ciljnih iRNK, a dati cilj može biti reguliran multiplim miRNK-a.^[14][26]

1. ^ Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.
2. ^ Alberts B. (2002)ː Molecular biology of the cell. Garland Science, New York, ISBN 0-8153-3218-1.
3. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
4. ^ Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.
5. ^ Ambros, V (16. 9. 2004). "The functions of animal microRNAs". Nature. 431 (7006): 350–5. doi:10.1038/nature02871. PMID 15372042.
6. ^ Bartel, DP (23. 1. 2004). "MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function". Cell. 116 (2): 281–97. doi:10.1016/S0092-8674(04)00045-5. PMID 14744438.
7. ^ ^{a b c d} Bartel DP (januar 2009). "MicroRNAs: target recognition and regulatory functions". Cell. 136 (2): 215–33. doi:10.1016/j.cell.2009.01.002. PMC 3794896. PMID 19167326.
8. ^ Fabian, MR; Sonenberg, N; Filipowicz, W (2010). "Regulation of mRNA translation and stability by microRNAs". Annual review of biochemistry. 79: 351–79. doi:10.1146/annurev-biochem-060308-103103. PMID 20533884.
9. ^ Homo sapiens miRNAs in the miRBase Arhivirano 27. 3. 2014. na Wayback Machine at Manchester University.
10. ^ Bentwich I, Avniel A, Karov Y, Aharonov R, Gilad S, Barad O, Barzilai A, Einat P, Einav U, Meiri E, Sharon E, Spector Y, Bentwich Z; Avniel; Karov; Aharonov; Gilad; Barad; Barzilai; Einat; Einav; Meiri; Sharon; Spector; Bentwich (juli 2005). "Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs". Nat. Genet. 37 (7): 766–70. doi:10.1038/ng1590. PMID 15965474.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
11. ^ Lim LP, Lau NC, Weinstein EG, Abdelhakim A, Yekta S, Rhoades MW, Burge CB, Bartel DP; Lau; Weinstein; Abdelhakim; Yekta; Rhoades; Burge; Bartel (april 2003). "The microRNAs of Caenorhabditis elegans". Genes Dev. 17 (8): 991–1008. doi:10.1101/gad.1074403. PMC 196042. PMID 12672692.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
12. ^ Lagos-Quintana M, Rauhut R, Yalcin A, Meyer J, Lendeckel W, Tuschl T; Rauhut; Yalcin; Meyer; Lendeckel; Tuschl (april 2002). "Identification of tissue-specific microRNAs from mouse". Curr. Biol. 12 (9): 735–9. doi:10.1016/S0960-9822(02)00809-6. PMID 12007417.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
13. ^ ^{a b} Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (2005). "Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets". Cell. 120 (1): 15–20. doi:10.1016/j.cell.2004.12.035. PMID 15652477.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
14. ^ ^{a b} Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP; Farh; Burge; Bartel (januar 2009). "Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs". Genome Res. 19 (1): 92–105. doi:10.1101/gr.082701.108. PMC 2612969. PMID 18955434.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
15. ^ Axtell, MJ; Bartel, DP (juni 2005). "Antiquity of microRNAs and their targets in land plants". The Plant cell. 17 (6): 1658–73. doi:10.1105/tpc.105.032185. PMC 1143068. PMID 15849273.
16. ^ Tanzer A, Stadler PF; Stadler (maj 2004). "Molecular evolution of a microRNA cluster". J. Mol. Biol. 339 (2): 327–35. doi:10.1016/j.jmb.2004.03.065. PMID 15136036.
17. ^ Chen, Kevin; Rajewsky, Nikolaus (2007). "The evolution of gene regulation by transcription factors and microRNAs". Nature Reviews Genetics. 8 (2): 93–103. doi:10.1038/nrg1990. PMID 17230196.
18. ^ Lee CT, Risom T, Strauss WM; Risom; Strauss (april 2007). "Evolutionary conservation of microRNA regulatory circuits: an examination of microRNA gene complexity and conserved microRNA-target interactions through metazoan phylogeny". DNA Cell Biol. 26 (4): 209–18. doi:10.1089/dna.2006.0545. PMID 17465887.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
19. ^ Peterson, KJ; Dietrich, MR; McPeek, MA (juli 2009). "MicroRNAs and metazoan macroevolution: insights into canalization, complexity, and the Cambrian explosion". BioEssays. 31 (7): 736–47. doi:10.1002/bies.200900033. PMID 19472371.
20. ^ Shabalina SA, Koonin EV; Koonin (oktobar 2008). "Origins and evolution of eukaryotic RNA interference". Trends in Ecology and Evolution. 10 (10): 578–587. doi:10.1016/j.tree.2008.06.005. PMC 2695246. PMID 18715673.
21. ^ Axtell, MJ; Westholm, JO; Lai, EC (2011). "Vive la différence: biogenesis and evolution of microRNAs in plants and animals". Genome Biology. 12 (4): 221. doi:10.1186/gb-2011-12-4-221. PMC 3218855. PMID 21554756.
22. ^ Jones-Rhoades, MW; Bartel, DP; Bartel, B (2006). "MicroRNAS and their regulatory roles in plants". Annual Review of Plant Biology. 57: 19–53. doi:10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218. PMID 16669754.
23. ^ Lewis BP, Shih IH, Jones-Rhoades M, Bartel DP, Burge CB (2003). "Prediction of Mammalian MicroRNA Targets". Cell. 115 (7): 787–798. doi:10.1016/S0092-8674(03)01018-3. PMID 14697198.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
24. ^ Ellwanger DC, Büttner FA, Mewes HW, Stümpflen V (2011). "The sufficient minimal set of miRNA seed types". Bioinformatics. 27 (10): 1346–50. doi:10.1093/bioinformatics/btr149. PMC 3087955. PMID 21441577.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
25. ^ Rajewsky, Nikolaus (2006). "microRNA target predictions in animals". Nature Genetics. 38 (6s): S8–S13. doi:10.1038/ng1798.
26. ^ Krek, Azra; Grün, Dominic; Poy, Matthew N; Wolf, Rachel; Rosenberg, Lauren; Epstein, Eric J; MacMenamin, Philip; da Piedade, Isabelle; Gunsalus, Kristin C; Stoffel, Markus; Rajewsky, Nikolaus (maj 2005). "Combinatorial microRNA target predictions". Nature Genetics. 37 (5): 495–500. doi:10.1038/ng1536. PMID 15806104.