BLAST

BLAST
Tipus	biologia computacional
Versió estable	2.9.0 (2 abril 2019)
Característiques tècniques
Sistema operatiu	Unix-like, Linux, macOS i Microsoft Windows
Escrit en	C++ i C
Format de fitxer de lectura	XML BLAST Output (en)
Format de fitxer d'escriptura	XML BLAST Output (en)
Equip
Desenvolupador(s)	Stephen Altschul, Warren Gish, Webb Miller, Eugene Myers i David J. Lipman
Més informació
Lloc web	blast.ncbi.nlm.nih.gov (anglès)

El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) és un programa informàtic d'alineament de seqüències de tipus local ja sigui d'ADN o de proteïnes. El programa és capaç de comparar una seqüència problema (comunament anomenada query) contra una gran quantitat de seqüències que es trobin en una base de dades. L'algorisme troba les seqüències de la base de dades que tenen major semblança a la seqüència query. És important esmentar que BLAST usa un algorisme heurístic pel que no ens pot garantir que hagi trobat la solució correcta. No obstant això, el BLAST és capaç de calcular el grau de significació estadística dels seus resultats, pel que proveeix d'un paràmetre per a jutjar els resultats que s'obtenen

Normalment el BLAST és fet servir per a trobar probables gens homòlegs. En general, quan és obtinguda una nova seqüència, es fa servir el BLAST per a comparar-la amb altres seqüències que han estat prèviament caracteritzades, per a així poder inferir la seva funció. El BLAST és l'eina més usada per a l'anotació i predicció funcional de gens o seqüències proteiques. S'han creat moltes variants per a resoldre alguns problemes específics de recerca.

El BLAST és un programa de llicència lliure i es pot usar gratuïtament des del servidor de l'NCBI. Si es desitja també està disponible per a ser instal·lat localment. L'avantatge del servidor de l'NCBI és que l'usuari no ha de mantenir ni actualitzar les bases de dades i que la recerca es fa en un clúster d'ordinadors, el que atorga rapidesa. Els desavantatges són: no es permeten fer recerques massives atès que és un recurs compartit, dificultant, per tant, l'ensenyament a l'aula, les seqüències són enviades al servidor de l'NCBI sense cap mena de xifrat, el que pot ser un problema per a qui vulguin mantenir les seves seqüències privades. L'aplicació local del BLAST té l'avantatge de permetre manejar diversos paràmetres que en les recerques de l'NCBI estan estandarditzats, pel que proveeix una major flexibilitat per als usuaris avançats.

Com a formats d'entrada i sortida fa servir el FASTA.