Protein Data Bank

Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Open Access Datenbank für 3D-Strukturdaten von großen biologischen Molekülen. Über ein Internet-Informationsportal und ein herunterladbares Datenarchiv bietet die PDB Zugang zu 3D-Strukturdaten für Proteine, DNA und RNA. Sie ist heute eine weltweit führende Ressource für experimentelle Daten, die für wissenschaftliche Entdeckungen von zentraler Bedeutung sind. Die Kenntnis der 3D-Struktur eines biologischen Makromoleküls ist wesentlich für das Verständnis seiner Funktion. Die Strukturdaten wurden üblicherweise durch Kristallstrukturanalyse oder NMR-Spektroskopie gewonnen.

Das Archiv der Proteindatenbank (PDB) enthält derzeit über 158.000 Einträge^[1] (Stand 2019) als 3D-Strukturen von Biomolekülen auf atomarer Ebene.

Die PDB wurde 1971 als erste frei zugängliche, digitale Datenquelle in der Biologie eingerichtet und die Rechenzentren werden seit 1999 von der "Research Collaboratory for Structural Bioinformatics" (RCSB PDB) betrieben. Sie stellt PDB-Daten allen Datenkonsumenten kostenlos und ohne Nutzungseinschränkungen (Policies) zur Verfügung.

Die RCSB-PDB wird an den Standorten Rutgers, der State University of New Jersey, und dem University of California, San Diego/San Diego Supercomputer Center betrieben. Durch eine einzigartige Vereinbarung werden PDB-Daten auch von anderen Partnern der Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) (einschließlich der Protein Data Bank Europe (PDBe)), Protein Data Bank Japan und der Biological Magnetic Resonance Bank zur Verfügung gestellt. Das RCSB-PDB-Team (das an der Rutgers University und der University of California San Diego tätig ist) ist jedoch der wwPDB-Archivbetreuer und ist auch für die Datenintegrität und die Notfallwiederherstellung verantwortlich. Die Betriebskosten des RCSB-PDB, einschließlich der Kosten für die Datenerstellung und ‑speicherung sowie andere Ausgaben belaufen sich auf insgesamt 6,9 Millionen US-Dollar pro Jahr.^[2]

1. ↑ PDB Statistics: Overall Growth of Released Structures Per Year. Abgerufen am 19. August 2020. 
2. ↑ Kevin P. Sullivan, Peggy Brennan-Tonetta, Lucas J. Marxen: Economic Impacts of the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank. Rutgers New Jersey Agricultural Experiment Station, 2017, abgerufen am 19. August 2020.