Substrat im Zusammenhang mit Boden ist das jeweilige Grundmaterial für verschiedene natürliche Vorgänge und technische Anwendungen, liegt meist als granulare Materie vor und besteht oft aus zerkleinertem Gestein.
In den Geowissenschaften bezeichnet das Substrat (lateinisch Unterlage) das Ausgangsmaterial für die Bodenbildung, zum Beispiel das Ausgangsgestein am Standort.
Im Gartenbau werden mit dem Begriff Substrat Nährböden aller Art bezeichnet, einschließlich des gewachsenen Erdbodens, der durch seinen jeweiligen Bodentyp gekennzeichnet wird.
Gleichzeitig ist der Boden auch Substrat (Ökologie) im Sinn eines Materials, auf und in dem Organismen leben. Er enthält das jeweilige Substrat (Biochemie) im Sinn einer von verschiedenen Biomolekülen und Mikroorganismen umzusetzenden chemischen Verbindung.
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