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Le benthos (du grec ancien βένθος / bénthos, « profondeur ») est l'ensemble des organismes aquatiques (marins ou dulcicoles), appelés benthontes, vivant sur le fond des mers et océans, des lacs et cours d'eau. Par opposition, on parle de pélagos (constitué du plancton et du necton) pour désigner l'ensemble des organismes qui occupent la tranche d'eau supérieure, du fond à la surface.
L'adjectif benthique dérive de benthos et s'emploie pour préciser qu'une espèce vit au fond des eaux, soit à proximité du fond (organismes vagiles), soit directement sur le substratum (épibenthique), soit même dans celui-là (endobenthique), cette espèce pouvant être sessile (fixée) ou vagile (mobile).
Les écologues distinguent, selon la nature des organismes, le phytobenthos (flore aquatique, subdivisée en macrophytobenthos constitué d'algues et de phanérogames, et en microphytobenthos constitué de micro-algues) et le zoobenthos (faune aquatique subdivisé en plusieurs catégories : microbenthos, méiobenthos, macrobenthos et mégabenthos).
- Le développement microphytobenthique à la surface du sédiment contribue à la formation d'un biofilm superficiel intertidal. Ce biofilm sur vase estuarienne exondée est une source de nourriture pour de nombreux invertébrés, mais aussi pour certains bécasseaux littoraux qui trouvent là jusqu'à 50 % des ressources énergétiques dont ils ont besoin. Cf (en) Tomohiro Kuwae, Peter G. Beninger, Priscilla Decottignies, Kimberley J. Mathot, Dieta R. Lund, Robert W. Elner. (2008) Biofilm grazing in a higher vertebrate : the westerne sandpiper, Calidris Mauri ; Ecology 89:3, 599-606
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