DrugBank

DrugBank merupakan basis data daring yang komprehensif dan dapat diakses secara bebas yang berisi informasi tentang obat dan target obat.^[1] Baik sebagai sumber bioinformatika dan informatika kimia, DrugBank menggabungkan rincian mengenai data obat (yaitu sifat kimia, farmakologi dan farmasi) dengan informasi dari target obat (yaitu urutan, struktur, dan jalur) secara komprehensif.^[1][2] Karena cakupannya yang luas, referensi yang komprehensif dan deskripsi data yang luar biasa rinci, DrugBank lebih mencerminkan sebuah ensiklopedia obat dibanding basis data obat. Akibatnya, pranala ke DrugBank dikelola untuk hampir semua obat yang tercantum dalam Wikipedia. DrugBank banyak digunakan oleh industri obat, ahli kimia obat, apoteker, dokter, mahasiswa dan masyarakat umum. Luasnya data obat dan target obat drug and drug-target data telah memungkinkan penemuan dan pengajuan kembali sejumlah obat yang ada untuk mengobati penyakit langka dan baru diidentifikasi.

Rilis terbaru basis data (versi 5.0) berisi 8227 entri obat termasuk 2003 obat molekul kecil yang disetujui oleh FDA, 221 obat bioteknologi (protein/peptida) yang disetujui-FDA, 93 nutraseutikal dan lebih dari 6000 obat percobaan.^[3] Selain itu, sekuens 4270 protein non-redundan (yaitu target obat /enzim/transporter/pembawa) dihubungkan dengan entri obat tersebut.

Setiap entri DrugCard berisi lebih dari 200 bidang data dengan setengah dari informasi yang ditujukan untuk data kimia/obat dan setengah lainnya yang ditujukan untuk data target obat atau protein.^[3]

Empat basis data tambahan, HMDB,^[4] T3DB,^[5] SMPDB ^[6] dan FooDB juga merupakan bagian dari Suite umum basis data metabolomika/informatika kimia. HMDB berisi informasi setara dengan lebih dari 40.000 metabolit manusia, T3DB berisi informasi tentang 3100 racun umum dan polutan lingkungan, SMPDB berisi diagram jalur untuk hampir 700 jalur metabolisme manusia dan jalur penyakit, sementara FooDB berisi setara dengan informasi mengenai ~28.000 komponen makanan dan aditif makanan.

1. ^ ^{a b} Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D668-D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430 . PMID 16381955. 
2. ^ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889 . PMID 18048412. 
3. ^ ^{a b} Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (Jan 2014). "DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102 . PMID 24203711. 
4. ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, I; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Lim, E; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zuniga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, I (Jan 2009). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D603-10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599 . PMID 18953024. 
5. ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899 . PMID 19897546. 
6. ^ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Jan 2014). "Small Molecule Pathway Database". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D478-84. doi:10.1093/nar/gkt1067. PMC 3965088 . PMID 24203708.