La guerra di Colonia (in tedesco: Kölner Krieg o Kölnischer Krieg), detta anche guerra del siniscalco (Truchsessischer Krieg) o disordini del siniscalco (Truchsessischer Wirren), fu un conflitto durato dal 1583 al 1588 che devastò l'Elettorato di Colonia, principato ecclesiastico del Sacro Romano Impero corrispondente all'attuale area del Nord Reno-Vestfalia, in Germania. La guerra scoppiò nel contesto della riforma protestante in Germania e con la successiva controriforma, portando alle rivolte olandesi e alle guerre di religione in Francia.
Il conflitto mise alla prova in campo aperto le riserve incluse nella sezione religiosa della pace di Augusta del 1555 che aveva sedato le prime guerre tra cattolici e protestanti nell'Impero. Secondo i principi in essa contenuti, i territori ecclesiastici parte del Sacro Romano Impero erano esclusi dall'applicazione del dettame cuius regio, eius religio. Questo prevedeva ad ogni modo che se un principe ecclesiastico avesse deciso di convertirsi al protestantesimo avrebbe potuto farlo liberamente ma avrebbe dovuto rinunciare ai propri incarichi episcopali piuttosto che costringere l'intera popolazione del proprio principato ad assoggettarsi alla sua nuova religione.
Nel dicembre del 1582 Gebhard Truchsess von Waldburg, principe-elettore di Colonia, si convertì al protestantesimo e come da legge egli avrebbe dovuto dimettersi dalla propria carica di arcivescovo. Egli invece dichiarò pubblicamente la propria fede religiosa, sposò nel 1583 Agnese di Mansfeld-Eisleben e si pose l'obiettivo di convertire il proprio principato ecclesiastico in uno stato secolare avente per religione il calvinismo. Poco dopo Gebhard venne scomunicato e la fazione dei canonici della cattedrale cittadina a lui contrari elesse arcivescovo Ernesto di Baviera.
Inizialmente le truppe dei due arcivescovi si scontrarono per il controllo delle diverse parti del territorio. Molti baroni e conti disponevano di obbligazioni feudali con l'elettore anche in territori delle province adiacenti di Vestfalia, Liegi e nei Paesi Bassi spagnoli. La complessità delle infeudazioni e degli appannaggi dinastici ingrandì di molto l'iniziale faida locale, coinvolgendo anche il Palatinato, i Paesi Bassi, la Scozia, l'Inghilterra e mercenari protestanti da una parte, contro le truppe bavaresi, pontificie e cattoliche dall'altra. Nel 1586 il conflitto si espanse ulteriormente con l'inclusione delle truppe spagnole e di mercenari italiani sul fronte cattolico, oltre al finanziamento e al supporto diplomatico di Enrico III di Francia ed Elisabetta I d'Inghilterra sul fronte protestante.
Il conflitto si svolse nei medesimi anni della rivolta olandese (1568–1648), il che incoraggiò la partecipazione al conflitto di olandesi e spagnoli, rispettivamente contrapposti. La guerra di Colonia portò al consolidamento dell'autorità della famiglia Wittelsbach sui territori a nordovest della Germania e contribuì ad un rinnovamento cattolico nell'area del basso Reno. Non ultimo, questa guerra portò alla luce ancora una volta i conflitti religiosi tra le varie famiglie principesche della Germania.
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