Tercijarna struktura proteina – u biohemiji – je njegova trodimenzijska struktura, definirana koordinatama atoma.
Tercijarna struktura proteina je način na koji je oblikovan polipeptid složenog molekulskog oblika. To je uzrokovano interakcijama R-grupa kao što su ionske i vodikove veze, disulfidni mostovi i hidrofobne i hidrofilne interakcije.