ENCODE

ENCODE (zusammengesetzt aus engl. ENCyclopedia Of DNA Elements, Enzyklopädie der DNA-Elemente) ist ein Forschungsprojekt, das im September 2003 vom US-amerikanischen National Human Genome Research Institute (NHGRI) initiiert wurde. Ziel des Projekts ist, alle funktionellen Elemente des menschlichen Genoms sowie das Transkriptom zu identifizieren und zu charakterisieren.^[1] ENCODE ist damit das Folgeprojekt des Humangenomprojekts, das die Sequenzierung des menschlichen Genoms zum Ziel hatte und das seit 2003 abgeschlossen ist. Ein weiteres Ziel von ENCODE ist die Entwicklung und Implementierung von Hochdurchsatzmethoden zur Identifikation der funktionellen Elemente.^[1]

Durchgeführt wird ENCODE von einem Forschungskonsortium, zu dem insgesamt etwa 30 Arbeitsgruppen an verschiedenen Instituten gehören. Das Projekt wird in drei Phasen ausgeführt: einer Pilotphase, die das Ziel hat, 1 % (30 Megabasen) des Genoms zu analysieren und die Untersuchungsmethoden zu evaluieren, einer technologischen Phase, in denen der Datendurchsatz erhöht und die Kosten zur Akquirierung der Daten verringert werden sollen und einer Produktionsphase, in der die restlichen 99 % des Genom analysiert werden sollen. Alle Daten, die im Zuge des ENCODE-Projekts generiert werden, werden in einer öffentlich zugänglichen Datenbank der Allgemeinheit zur Verfügung gestellt.^[2][3] Als ein erstes Ergebnis konnte ENCODE 2007 bestätigen, dass etwa die Hälfte aller produzierten RNAs einer Zelle weder mRNA noch ribosomale RNA oder andere RNA-Endprodukte, sondern andere RNAs sind, bei denen es nicht bekannt ist, ob und welche Funktion diese ausfüllen.

Die Ergebnisse von ENCODE sind umstritten, methodische Fehler wurden bemängelt und Widersprüche zu evolutionsbiologischen Vorstellungen sollen bestehen.^[4]

1. ↑ ^{a b} The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project. The ENCODE Project Consortium. In: Science, 22 October 2004, Vol. 306. no. 5696, S. 636–640, doi:10.1126/science.1105136.
2. ↑ genome.ucsc.edu
3. ↑ ENCODE Project Data Release Policy. genome.gov
4. ↑ D. Graur et al.: On the immortality of television sets: “function” in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE. In: Genome Biol Evol., 20. Februar 2013, PMID 23431001 (englisch)