Atisano molekula terpenoidearen irudikapenak: 3D (ezkerrean eta erdian) eta 2D (eskuinean).Indar atomikoaren mikroskopioan (AFM) PTCDA molekula baten irudia, non karbono 6ko bost eraztunak ikusten diren[1].Pentazeno molekulen irudi mikroskopiko eskaneatu bat, karbonozko bost eraztuneko kate linealez osatua[2].1,5,9-trioxo-13-azatriangulenoaren eta bere egitura kimikoaren AFM irudia[3].
Molekularen egitura hobeto ezagutu ahala, definizio hau aldatzen joan da. Aurreko definizioak zehazgabeagoak ziren: substantzia kimikoen konposizio eta propietate kimikoak atxikitzen zituen partikularik txikienatzat hartzen zen molekula.[10] Definizio hau sarritan ez zen betetzen, eguneroko substantzia asko (esaterako, hainbat arroka, gatz edo metal), ez baitaude molekulaz eginak.
Gasenteoria zinetikoan, molekula terminoa edozein gas-partikuletarako erabiltzen da, bere osaera kontuan hartu gabe.[11] Definizio honek badauka desabantaila bat: gas nobleak ere molekulak izango lirateke, loturarik gabeko atomo bakunez osatuta baitaude.
Molekulen antzeko kontzeptuak antzinatik eztabaidatzen dira, baina molekulen izaerari eta haien loturei buruzko ikerketa modernoa XVII. mendean hasi zen. Denborarekin, Robert Boyle, Amedeo Avogadro, Jean Perrin eta Linus Pauling moduko zientzialariek finduta, molekulen ikerketa, gaur egun, fisika molekularra edo kimika molekularra izenez ezagutzen da.