Fungi

Classification
Empire	Eukaryota
Super-règne	Opisthokonta

Les Fonges^[1] (Fungi)^[2], également appelés Mycètes (Mycota)^[3], sont un règne d'organismes eucaryotes appelés communément champignons. Ce règne est diversifié, regroupant des organismes microscopiques, invisibles à l'œil nu, microchampignons unicellulaires (levures) ou pluricellulaires (moisissures), jusqu'aux « champignons supérieurs »^[4] dotés le plus souvent d'un pied et d'un chapeau, que le promeneur récolte.

Leur succès évolutif est en grande partie dû à leur plasticité génétique associée à des caractéristiques biologiques extrêmement diversifiées, depuis leurs modes de vie (symbiose de type lichens ou mycorhizes, parasitisme biotrophe ou nécrotrophe, saprotrophie) jusqu'à leur développement qui implique divers processus : la sporulation, la germination des spores, la croissance de l'appareil végétatif (mycélium composé d'hyphes), et la reproduction par voie asexuée ou sexuée en différenciant un appareil reproducteur, le sporophore.

L'existence simultanée d’une paroi cellulaire périphérique et de vacuoles turgescentes dans le cytoplasme, les rapproche des végétaux auxquels on les rattachait autrefois, alors que leur corps végétatif non différencié et leur paroi peptido-polyosidique les distingue des plantes. L'absence de chloroplastes, de chlorophylle et d'amidon en fait, comme les animaux, des organismes hétérotrophes au carbone. Sur la base de ces caractères particuliers, l'Américain Robert Harding Whittaker classe en 1959 les champignons dans un règne à part, celui des Mycota ou Mycètes. D'après des substances typiques du règne animal retrouvées chez les champignons lors d'études chimiotaxonomiques (chitine, mélanine, bufoténine, etc.) et l'analyse des séquences ADN, la classification phylogénétique actuelle les rend plus proches des animaux, formant avec eux l'essentiel du super-règne des Opisthochontes.

La mycologie est la science qui les étudie.

Environ 120 000 espèces de Mycètes ont été décrites à ce jour (avec un rythme moyen de 1 300 espèces nouvelles décrites annuellement)^[5], mais la majorité sont des microorganismes incultivés et les estimations des mycologues de leur nombre total, basées notamment sur des analyses métagénomiques d'un grand éventail de sols, vont de 0,5 à 10 millions, l'établissement de l'inventaire fongique qui se voudrait exhaustif prenant plusieurs milliers d'années au rythme de description actuelle^[6]^,^[7]^,^[5].

↑ Au pluriel pour le taxon Fungi. Le terme existait déjà en français comme synonyme de champignon (XVI^e siècle, = fungusses en vieil anglais), et aussi au singulier féminin désigne l'ensemble des champignons d'un même territoire, comme pour la faune et la flore pour les animaux et les plantes.
↑ C'est un des noms latin du « règne » en biologie (mycologie), au sens large de champignons ; exemples Hypocrea fungicola P. Karst., renvoie à son écologie inféodée au Fomes pinicola, ce polypore étant lui même dépendant du Pin. Cf Paul Escallon 1988, Précis de Myconymie ; SMBC & FMDS [ouvrage dédié à Henri Romagnesi... le Mycologue, le Philologue... et le Poète>]. Thonon les Bains, France
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Probablement de l'indo-européen *meu qui l’apparente au latin muscus (« mousse »), mucus (« morve »), mucor (« moisissure ») et au grec mykès (d'où les Mycètes) désignant d'abord les champignons en général. Les termes grec et latin sont ainsi une allusion possible aux champignons qui se protègent contre la dessication par une couche de mucus qui recouvre leur chapeau et parfois aussi leur pied, ou à la mycophobie ancestrale, les champignons étant associés aux mucosités nasales repoussantes. René Pomerleau, Flore des champignons du Québec, Éditions la presse, 1980, p. 87. [> fonge du Québec?]. On retrouve les mêmes étymologies en japonais, sauf que le gluant (Naba, Namé) est associé à un délice gastronomique (mycophilie). Pholiota nameko. [Imazeki, Rokuya. 1973. Japanese mushroom names. The Transactions of the Asiatic Society of Japan, 3rd series, 11:26–80.] (étymon qui a également donné mucus, mucilage, muqueux, muqueuse, avec deux caractères opposés :
1. matière gluante (collagène, « plus facile à saisir qu'à lâcher » cf. la célèbre tirade de Raimu dans Marius de Marcel Pagnol) ou
2. visqueuse et gélatineuse (difficile à saisir) phénomène à double action comme la savonnette, par exemple, qui échappe des mains, en fonction de la proportion d'eau.
↑ macromycète, subst. masc.,bot. Champignon de taille importante. E. Fries (1794-1878) (Hist. gén. sc.,t.3, vol.1, 1961, p.434).[1]
↑ ^{a et b} (en) Joseph Heitman, Barbara J. Howlett, Pedro W. Crous, Eva H. Stukenbrock, Timothy Yong James, Neil A. R. Gow, The Fungal Kingdom, John Wiley & Sons, 2017, p. 31
↑ (en) Meredith Blackwell, « The Fungi. 1, 2, 3 … 5,1 Million species ? », American Journal of Botany, vol. 98, n^o 3,‎ 2 mars 2011, p. 426–438 (DOI 10.3732/ajb.1000298).
↑ (en) Leho Tedersoo, Mohammad Bahram, Sergei Põlme, Urmas Kõljalg, Nourou S. Yorou, Ravi Wijesundera, Luis Villarre, « Global diversity and geography of soil fungi », Science, vol. 346, n^o 6213,‎ 28 novembre 2014 (DOI 10.1126/science.1256688).

[1] Au pluriel pour le taxon Fungi. Le terme existait déjà en français comme synonyme de champignon (XVI^e siècle, = fungusses en vieil anglais), et aussi au singulier féminin désigne l'ensemble des champignons d'un même territoire, comme pour la faune et la flore pour les animaux et les plantes.

[2] C'est un des noms latin du « règne » en biologie (mycologie), au sens large de champignons ; exemples Hypocrea fungicola P. Karst., renvoie à son écologie inféodée au Fomes pinicola, ce polypore étant lui même dépendant du Pin. Cf Paul Escallon 1988, Précis de Myconymie ; SMBC & FMDS [ouvrage dédié à Henri Romagnesi... le Mycologue, le Philologue... et le Poète>]. Thonon les Bains, France

[3] Probablement de l'indo-européen *meu qui l’apparente au latin muscus (« mousse »), mucus (« morve »), mucor (« moisissure ») et au grec mykès (d'où les Mycètes) désignant d'abord les champignons en général. Les termes grec et latin sont ainsi une allusion possible aux champignons qui se protègent contre la dessication par une couche de mucus qui recouvre leur chapeau et parfois aussi leur pied, ou à la mycophobie ancestrale, les champignons étant associés aux mucosités nasales repoussantes. René Pomerleau, Flore des champignons du Québec, Éditions la presse, 1980, p. 87. [> fonge du Québec?]. On retrouve les mêmes étymologies en japonais, sauf que le gluant (Naba, Namé) est associé à un délice gastronomique (mycophilie). Pholiota nameko. [Imazeki, Rokuya. 1973. Japanese mushroom names. The Transactions of the Asiatic Society of Japan, 3rd series, 11:26–80.] (étymon qui a également donné mucus, mucilage, muqueux, muqueuse, avec deux caractères opposés :
matière gluante (collagène, « plus facile à saisir qu'à lâcher » cf. la célèbre tirade de Raimu dans Marius de Marcel Pagnol) ou

visqueuse et gélatineuse (difficile à saisir) phénomène à double action comme la savonnette, par exemple, qui échappe des mains, en fonction de la proportion d'eau.

[4] tière gluante (collagène, « plus facile à saisir qu'à lâcher » cf. la célèbre tirade de Raimu dans Marius de Marcel Pagnol) ou

[5] visqueuse et gélatineuse (difficile à saisir) phénomène à double action comme la savonnette, par exemple, qui échappe des mains, en fonction de la proportion d'eau.

[4] macromycète, subst. masc.,bot. Champignon de taille importante. E. Fries (1794-1878) (Hist. gén. sc.,t.3, vol.1, 1961, p.434).[1]

[Heitman-5] {a et b} (en) Joseph Heitman, Barbara J. Howlett, Pedro W. Crous, Eva H. Stukenbrock, Timothy Yong James, Neil A. R. Gow, The Fungal Kingdom, John Wiley & Sons, 2017, p. 31

[6] (en) Meredith Blackwell, « The Fungi. 1, 2, 3 … 5,1 Million species ? », American Journal of Botany, vol. 98, n^o 3,‎ 2 mars 2011, p. 426–438 (DOI 10.3732/ajb.1000298).

[7] (en) Leho Tedersoo, Mohammad Bahram, Sergei Põlme, Urmas Kõljalg, Nourou S. Yorou, Ravi Wijesundera, Luis Villarre, « Global diversity and geography of soil fungi », Science, vol. 346, n^o 6213,‎ 28 novembre 2014 (DOI 10.1126/science.1256688).

[10] tière gluante (collagène, « plus facile à saisir qu'à lâcher » cf. la célèbre tirade de Raimu dans Marius de Marcel Pagnol) ou

[11] visqueuse et gélatineuse (difficile à saisir) phénomène à double action comme la savonnette, par exemple, qui échappe des mains, en fonction de la proportion d'eau.

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