Nextstrain est une collaboration entre des chercheurs de Seattle, aux États-Unis[1] et de Bâle, en Suisse[2] qui fournit une collection d'outils open source pour visualiser la génétique impliquée dans la propagation des épidémies virales[3].
Son objectif est de soutenir les mesures de santé publique et la surveillance en facilitant la compréhension de la propagation et de l'évolution des agents pathogènes. La plateforme Nextstrain a été lancée en 2015[2]. Le code développé par Nextstrain est rendu accessible au public, via, par exemple, github.com et ses données sont disponibles et consultables sous une forme accessible via les pages du site Web[4].
- Richards, « How coronavirus mutations can track its spread—and disprove conspiracies », www.nationalgeographic.com, (consulté le )
- « Spread of a novel SARS-CoV-2 variant across Europe in summer 2020 », www.unibas.ch, (consulté le )
- Reza, « nextstrain RNA, DNA, and COVID-19] », earlycareervoice.professional.heart.org, (consulté le )
- Hadfield, Megill, Bell et Huddleston, « Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution », Bioinformatics, vol. 34, no 23, , p. 4121-4123 (ISSN 1367-4803, PMID 29790939, PMCID 6247931, DOI 10.1093/bioinformatics/bty407)
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