Un organisme nuisible (ou parfois dit « malfaisant », « déprédateur », « ravageur », « vermine » ou « peste » (ou, en France, ESOD pour Espèces indigènes susceptibles d'occasionner des dégâts) est un organisme dont tout ou partie des activités a des effets considérés, par certains acteurs, comme nuisant à la santé publique et/ou au bon déroulement de certaines activités humaines (agriculture, pisciculture, gestion cynégétique, sylviculture…).
Il peut s'agir de plantes, d'animaux (dits prédateurs[1] ou déprédateurs), de champignons, de bactéries ou mycoplasmes, de virus ou notamment quand il s'agit de parasites, d'agents pathogènes ou phytopathogènes. Les petites créatures autrefois estimées nuisibles et grouillantes étaient familièrement appelées vermine. C'est un concept devenu sémantiquement ambigu (par exemple, un même parasite sera considéré comme nuisible s'il s'attaque à une espèce domestiquée, mais pas s'il s'attaque à une espèce sans intérêt commercial ou paysager). Ainsi, le renard a longtemps été considéré comme parmi les « nuisibles » car il mangeait les poules non enfermées, alors qu'il est aussi l'un des premiers prédateurs des souris et campagnols, dont les dégâts économiques aux cultures et à l'arboriculture peuvent être bien plus importants (et alors que ces deux espèces-proies du renard sont elles-mêmes considérées comme nuisibles).
En défense des cultures, les organismes nuisibles sont appelés bioagresseurs.
Ce concept semble de plus en plus source de conflits et de controverses voire de dissonance cognitive depuis au moins 50 ans : « Au cœur de ces conflits se jouent tout d’abord des questions de catégorisation et de définition. Il n’est plus d'animaux que l'on pourrait classer une bonne fois pour toutes dans la catégorie des nuisibles, du gibier ou du grand prédateur, sans que ces définitions ne donnent lieu à des débats contradictoires, ici ou ailleurs. L’émergence de définitions contre-intuitives comme celle de « nuisible utile » ou celle de « prédateur protégé » résulte de ce processus qui peut conduire à l’hybridation de catégories historiquement exclusives les unes envers les autres »[2]. La notion même de nuisibilité recouvre des réalités de nature très différente (nuisibilité vitale, économique, environnementale, esthétique, commoditaire…) et, pour un organisme nuisible, les écologues ne peuvent pas prendre en compte la multiplicité et la complexité de ses interactions trophiques et non trophiques ou déterminer de manière fiable son seuil de nuisibilité[3]
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