Docking (chimica)

Diagramma che illustra il docking di una piccola molecola ligando (marrone) ad una proteina recettore (verde) per produrre un complesso.

Una piccola molecola legata a una proteina dopo docking.

Il docking molecolare, nel campo della modellistica molecolare, è un metodo che predice l'orientamento preferito di una molecola verso una seconda quando queste si legano fra di loro per formare un complesso stabile.^[1]

La conoscenza dell'orientamento preferito può essere utilizzata per predire la forza di un'associazione o di un legame proteina-ligando tra due molecole utilizzando per esempio le funzioni di score.

Le associazioni tra molecole biologicamente rilevanti come proteine, acidi nucleici, carboidrati e lipidi giocano un ruolo centrale nella trasduzione del segnale. Il relativo orientamento delle due molecole che interagiscono può influenzare il tipo di segnale prodotto (ad esempio agonista verso antagonista). Il docking è quindi utile per predire sia la forza che il tipo di segnale prodotto.

Il docking è usato frequentemente per predire l'orientamento del legame di una piccola molecola farmacologicamente attiva alla sua proteina bersaglio, così da poter prevedere l'affinità e l'attività di questa molecola. Il docking quindi gioca un ruolo importante nella progettazione razionale del farmaco.^[2]^[3] Dato il significato biologico e farmaceutico del docking molecolare, sono stati fatti considerevoli sforzi per migliorare i metodi utilizzati per predire il docking.

^ (EN) Lengauer T, Rarey M, Computational methods for biomolecular docking, in Curr. Opin. Struct. Biol., vol. 6, n. 3, 1996, p. 402–6, DOI:10.1016/S0959-440X(96)80061-3, PMID 8804827.
^ (EN) Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J, Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications, in Nature reviews. Drug discovery, vol. 3, n. 11, 2004, pp. 935–49, DOI:10.1038/nrd1549, PMID 15520816.
^ Docking molecolare, su pianetachimica.it. URL consultato il 12 giugno 2012 (archiviato dall'url originale il 21 maggio 2012).

[pmid8804827-1] (EN) Lengauer T, Rarey M, Computational methods for biomolecular docking, in Curr. Opin. Struct. Biol., vol. 6, n. 3, 1996, p. 402–6, DOI:10.1016/S0959-440X(96)80061-3, PMID 8804827.

[pmid15520816-2] (EN) Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J, Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications, in Nature reviews. Drug discovery, vol. 3, n. 11, 2004, pp. 935–49, DOI:10.1038/nrd1549, PMID 15520816.

[dockita-3] Docking molecolare, su pianetachimica.it. URL consultato il 12 giugno 2012 (archiviato dall'url originale il 21 maggio 2012).

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