Per evoluzione molecolare si intende il processo evolutivo applicato su DNA, RNA e proteine. L'evoluzione molecolare nacque come disciplina scientifica negli anni sessanta, nel momento in cui gli scienziati di diverse discipline (biologia molecolare, biologia evolutiva e genetica delle popolazioni) iniziarono a interpretare le recenti scoperte nella struttura e funzione di acidi nucleici e proteine. Alcuni argomenti che stimolarono particolarmente lo sviluppo di questo campo furono l'evoluzione della funzione degli enzimi, l'uso della divergenza tra acidi nucleici come orologio molecolare per studiare le divergenze fra specie e l'origine del DNA spazzatura.
I recenti sviluppi della genomica, tra cui il sequenziamento di interi genomi, la caratterizzazione delle proteine ad alto rendimento e la bioinformatica hanno portato ad un enorme aumento nello studio dell'argomento. Negli ultimi anni alcuni tra i temi più dibattuti sono il ruolo della duplicazione nello sviluppo di nuove funzioni geniche, il limite dell'evoluzione molecolare adattativa rispetto a quella neutrale e l'identificazione dei cambiamenti molecolari responsabili di diverse caratteristiche umane specialmente quelli associati a infezioni, malattie e cognizione.
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