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SARS-CoV-2 lignaggio B.1.1.529

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Vista dall'alto del peplomero della variante B.1.1.529.1 con gialle le sostituzioni, rosso le delezioni e verdi le inserzioni
Vista laterale del peplomero
Mutazioni (sostituzioni, delezioni, inserimenti) delle varianti Omicron BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5[1][2][3]
BA.1 BA.2 BA.3 BA.4 BA.5
gene aminoacido aminoacido aminoacido aminoacido aminoacido
ORF1a K856R S135R S135R S135R S135R
S2083I T842I G1307S del141/143 T842I
del2084/2084 G1307S T3090I T842I G1307S
A2710T L3027F T3255I G1307S L3027F
T3255I T3090I P3395H L3027F T3090I
P3395H L3201F A3657V T3090I T3255I
del3674/3676 T3255I del3675/3677 T3255I P3395H
I3758V P3395H P3395H del3675/3677
del3675/3677 del3675/3677
ORF1b P314L P314L P314L P314L P314L
I1566V R1315C I1566V R1315C R1315C
I1566 V I1566 V I1566 V
T2163I T2163I T2163I
Proteina S (Spike) A67V T19I A67V T19I T19I
del69/70 L24S del69/70 L24S L24S
T95I del25/27 T95I del25/27 del25/27
G142D G142D G142D del69/70 del69/70
del143/145 V213G del143/145 G142D G142D
N211I G339D G339D V213G V213G
del212 S371F S477N G339D G339D
ins214EPE S373P T478K S371F S371F
G339D S375F E484A S373P S373P
S371L T376 A Q493R S375F S375F
S373P D405N Q498R T376 A T376 A
S375F R408S N501Y D405N D405N
S477N K417N Y505H R408S R408S
T478K N440K D614G K417N K417N
E484A S477N H655Y N440K N440K
Q493R T478K N679K L452R L452R
G496S E484A P681H S477N S477N
Q498R Q493R D796Y T478K T478K
N501Y Q498R Q954H E484A E484A
Y505H N501Y N969K F486V F486V
T547K Y505H Q498R Q498R
D614G D614G N501Y N501Y
H655Y H655Y Y505H Y505H
N679K N679K D614G D614G
P681H P681H H655Y H655Y
D796Y N764K N679K N679K
N856K D796Y P681H P681H
Q954H Q954H N764K N764K
N969K N969K D796Y D796Y
L981F Q954H Q954H
N969K N969K
ORF3a T223I T223I T223I
Proteina E (involucro) T9I T9I T9I T9I T9I
Proteina M (membrana) D3N Q19E Q19E Q19E D3G
Q19E A63T A63T A63T Q19E
A63T A63T
ORF6 D61L D61L
ORF8 S84L S84L S84L S84L S84L
Proteina N (nucleocapside) P13L P13L P13L P13L P13L
del31/33 del31/33 del31/33 del31/33 del31/33
R203K R203K R203K P151S R203K
G204R G204R G204R R203K G204R
S413R S413R G204R S413R
S413R
Legenda:

Sostituzioni, es.: A63T l’Alanina63 viene sostituita dalla Treonina

Delezioni, es.: del31/33 la sequenza salta gli amminoacidi dalla posizione 31 alla 33

Inserimenti, es.:ins214EPE La tripletta EPE si inserisce in posizione 214

Sfondo giallo: adiacenti o All'interno del dominio di clavaggio della furina

Sottolineate sfondo rosa le mutazioni nel dominio di legame del recettore

La variante Omicron del SARS-CoV-2, chiamata lignaggio B.1.1.529, è la variante del coronavirus SARS-CoV-2 con la più alta prevalenza cumulativa globale nell'anno 2022.[1][4][5] Secondo la nomenclatura PANGO, comprende la riga B.1.1.529 (in Nextstrain 21M) con la principale sottovariante BA.1 (Nextstrain 21K) e altre sottovarianti.[2][4]

La variante Omicron è stata rilevata per la prima volta in Botswana in un campione raccolto il 9 novembre 2021. Uno dei primi a identificare la variante fu il virologo zimbabwese Sikhulile Moyo,[6] direttore del laboratorio, il 26 novembre 2021. L'Organizzazione Mondiale della Sanità l'ha classificata come VOC (Variant Of Concern: variante preoccupante) e nominata con la lettera greca omicron.[5] L'OMS, nel sequenziare la nomenclatura delle varianti, ha saltato le precedenti lettere ni e xi dell'alfabeto greco per evitare confusione con le somiglianze della parola inglese new (nuovo) e il cognome cinese Xi.[7]

Questa variante ha un numero insolitamente alto di mutazioni, molte delle quali sono nuove o colpiscono il peplomero, conosciuto come proteina spike. Queste caratteristiche rendono la variante Omicron preoccupante per quanto riguarda la sua trasmissibilità e l'efficacia del sistema immunitario o dei vaccini contro di essa. Sono state messe in atto a livello internazionale diverse restrizioni all'ingresso per i viaggiatori provenienti dai paesi in cui è stata rilevata, al fine di limitarne la diffusione. Nonostante ciò, la variante era presente in tutto il mondo a metà dicembre, diffondendosi a un ritmo senza precedenti secondo l'OMS e ECDC.[8][9]

  1. ^ a b (EN) outbreak.info, su outbreak.info. URL consultato il 4 gennaio 2022.
  2. ^ a b (EN) CoVariants, su covariants.org. URL consultato il 3 gennaio 2022.
  3. ^ GISAID - Initiative, su gisaid.org. URL consultato il 4 gennaio 2022.
  4. ^ a b Cov-Lineages, su cov-lineages.org. URL consultato il 3 gennaio 2022.
  5. ^ a b (EN) Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, su who.int. URL consultato il 4 gennaio 2022.
  6. ^ https://www.hsph.harvard.edu/biostatistics/2021/12/sikhulile-moyos-botswana-lab-became-the-first-to-identify-omicron-variant/
  7. ^ (EN) Vimal Patel, How Omicron, the New Covid-19 Variant, Got Its Name, in The New York Times, 27 novembre 2021. URL consultato il 4 gennaio 2022.
  8. ^ (EN) ECDC publishes new risk assessment on further emergence of Omicron variant, su European Centre for Disease Prevention and Control, 15 dicembre 2021. URL consultato il 4 gennaio 2022.
  9. ^ WHO: Enhancing Readinessfor Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actionsfor Member States, su who.int.

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